「新たな変異を有するオミクロン系統株を含むBA.1.1系統株の流行拡大、 およびBA.2系統株への置き換わりに影響をおよぼす可能性」
「新たな変異を有するオミクロン系統株を含むBA.1.1系統株の流行拡大、
およびBA.2系統株への置き換わりに影響をおよぼす可能性」
― 医科歯科大 新型コロナウイルス全ゲノム解析プロジェクト 第12報 ―
ポイント
- 2021年12月末から2022年2月中旬までのCOVID-19患者40名から検出したSARS-CoV-2は、その大多数がオミクロン系統株：BA.1.1であることがわかりました。
- 当該患者に海外渡航歴はなく、市中感染事例であることがわかりました。
- BA.1.1系統株には、変異部位の異なる5種類のBA.1.1系統株が存在していることがわかりました。
- またBA.2系統株には、変異部位の異なる3種類のBA.2系統株が存在していることがわかりました。
- BA.1.1系統株はBA.1系統株よりも感染伝播性が高い可能性が指摘されています。実際、BA.1系統が主流である地域（デンマーク、フィリピン等）で起こったBA.2系統への急激な置き換わりと比較して、BA.1.1系統が主流である地域（日本、アメリカ等）でのBA.2への置き換わりは緩やかである傾向が示唆されています。
東京医科歯科大学大学院医歯学総合研究科ウイルス制御学分野の武内寛明准教授・東京医科歯科大学病院病院長補佐、難治疾患研究所ゲノム解析室の谷本幸介助教、リサーチコアセンターの田中ゆきえ助教、ウイルス制御学分野の北村春樹大学院生および多賀佳大学院生らによる本学入院患者由来SARS-CoV-2全ゲノム解析プロジェクトチームは、統合臨床感染症学分野の具芳明教授、木村彰方理事・副学長・特任教授および京都府立医科大学大学院分子病態感染制御・検査医学分野の貫井陽子教授（前医学部附属病院感染制御部部長）との共同解析により、2021年末から2022年2月中旬までのCOVID-19患者40名分の検体を用いた全ゲノム解析を行ったところ、その大多数がオミクロン系統株：BA.1.1の市中感染事例であることがわかりました。さらには、新たな変異を有するBA.1.1およびBA.2系統株の市中感染事例を確認しました。
背景
概要
本知見の意義
用語解説
新型コロナウイルスに関して世界共通の系統分類方法であるPangolin（COVID-19 Lineage Assigner Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages,
https://cov-lineages.org/lineages.html）による分類系統IDによる分類系統名です。
・患者由来検体とは？
東京医科歯科大学病院の入院・外来においてCOVID-19患者の鼻咽腔ぬぐい液から採取されたウイルス（SARS-CoV-2）のことを指します。
・全ゲノム解析とは？
コロナ遺伝子検査として幅広く用いられているPCR検査は、ウイルスゲノムの限られた遺伝子領域（200塩基前後）のみ検出するのに対し、全ゲノム配列解析はコロナウイルスゲノム（約30,000塩基）を全て解読し、ウイルス配列全体の特徴を調べる方法のことを指します。
・医科歯科大 新型コロナウイルス全ゲノム解析プロジェクトとは？
2020年7月以降に東京医科歯科大学病院に入院歴のあるCOVID-19患者検体に含まれるSARS-CoV-2の全長ゲノム配列を解析し、（１）ウイルス学的特徴、（２）COVID-19疫学データ、および（３）臨床的特徴を紐付けすることによりCOVID-19病態解明および公衆衛生上の意思決定への貢献を目的として解析を進めています。
参考資料
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第１報
http://www.tmd.ac.jp/archive-tmdu/kouhou/20210129-1.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第２報
https://www.tmd.ac.jp/archive-tmdu/kouhou/20210218-1.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第３報
https://www.tmd.ac.jp/archive-tmdu/kouhou/20210315-1.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第４報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/54630_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第５報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/54774_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第６報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/54951_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第７報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/55606_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第８報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/55788_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第９報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/55835_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第10報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/56730_ext_04_6.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第11報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/56854_ext_04_6.pdf
問い合わせ先
＜内容に関すること＞
国立大学法人東京医科歯科大学 大学院医歯学総合研究科
ウイルス制御学分野 武内 寛明（たけうち ひろあき）
E-mail:htake.molv[@]tmd.ac.jp
＜報道に関すること＞
東京医科歯科大学 総務部総務秘書課広報係
〒113-8510 東京都文京区湯島1-5-45
E-mail：kouhou.adm[@]tmd.ac.jp