「オミクロン系統株：BA.2の新たな市中感染、および本邦において長期間存続しているデルタ系統株へのさらなる市中感染事例を確認」
「オミクロン系統株：BA.2の新たな市中感染、および本邦において長期間存続しているデルタ系統株へのさらなる市中感染事例を確認」
～医科歯科大 新型コロナウイルス全ゲノム解析プロジェクト 第11報～
ポイント
- 2022年1月中旬のCOVID-19患者から検出したSAR-CoV-2は、オミクロン系統株：BA.2であることがわかりました。
- 当該患者に渡航歴および濃厚接触者歴はなく、市中感染事例であることがわかりました。
- 2022年1月中旬のCOVID-19患者から検出されたデルタ系統株：AY29は、2021年8月の第5波から今日に至るまで本邦市中に長期間存続しているAY.29系統株であり、本邦デルタ系統株のわずか１％以下の割合で存続していることがわかりました。
- 当該AY.29系統株は、2021年12月以降の第６波で確認されている本邦デルタ系統株感染者の約半数（48%）を占めていることがわかりました。
背景
概要
また、今回全ゲノム解析で確認されたデルタ系統株は、本学プレスリリース第10報（https://www.tmd.ac.jp/files/topics/56730_ext_04_6.pdf）で報告したデルタ系統株と同一のものであることを確認しました。当該デルタ系統株は、2021年8月の第５波から今日に至るまで本邦市中に長期間存続しているデルタ系統株の中で、わずか１％以下の割合で存続しているデルタ系統株となります。ところが、当該株はGISAID（SARS-CoV-2全ゲノム情報データベース）に登録されている2021年12月以降の第６波で確認されている本邦デルタ系統株の約半数（48%）を占めていることがわかり、第６波における主流デルタ系統株になりつつあることが示唆されます。
本知見の意義
用語解説
新型コロナウイルスに関して世界共通の系統分類方法であるPangolin（COVID-19 Lineage Assigner Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages,
https://cov-lineages.org/lineages.html）による分類系統IDによる分類系統名である。
・患者由来検体とは？
東京医科歯科大学病院の入院・外来においてCOVID-19患者の鼻咽腔ぬぐい液から採取されたウイルス（SARS-CoV-2）のことを指します。
・全ゲノム解析とは？
コロナ遺伝子検査として幅広く用いられているPCR検査は、ウイルスゲノムの限られた遺伝子領域（200塩基前後）のみ検出するのに対し、全ゲノム配列解析はコロナウイルスゲノム（約30,000塩基）を全て解読し、ウイルス配列全体の特徴を調べる方法のことを指します。
・医科歯科大 新型コロナウイルス全ゲノム解析プロジェクトとは？
2020年7月以降に東京医科歯科大学病院に入院歴のあるCOVID-19患者検体に含まれるSARS-CoV-2の全長ゲノム配列を解析し、（１）ウイルス学的特徴、（２）COVID-19疫学データ、および（３）臨床的特徴を紐付けすることによりCOVID-19病態解明および公衆衛生上の意思決定への貢献を目的として解析を進めています。
参考資料
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第１報
http://www.tmd.ac.jp/archive-tmdu/kouhou/20210129-1.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第２報
https://www.tmd.ac.jp/archive-tmdu/kouhou/20210218-1.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第３報
https://www.tmd.ac.jp/archive-tmdu/kouhou/20210315-1.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第４報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/54630_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第５報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/54774_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第６報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/54951_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第７報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/55606_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第８報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/55788_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第９報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/55835_ext_04_2.pdf
東京医科歯科大学・SARS-CoV-2全ゲノム解析プレスリリース第１０報
https://www.tmd.ac.jp/files/topics/56730_ext_04_6.pdf
問い合わせ先
＜内容に関すること＞
国立大学法人東京医科歯科大学 大学院医歯学総合研究科
ウイルス制御学分野 武内 寛明（たけうち ひろあき）
E-mail:htake.molv[@]tmd.ac.jp
＜報道に関すること＞
東京医科歯科大学 総務部総務秘書課広報係
〒113-8510 東京都文京区湯島1-5-45
E-mail：kouhou.adm[@]tmd.ac.jp