標準修業年限は2年とし、次の学位のいずれかが取得できます。修士（医科学）、修士（歯科学）、修士（口腔保健学）、修士（理学）、修士（工学）。取得できる学位は取得科目により決まりますが、どの分野に所属しても希望の科目の選択が可能なので、どの分野に入学されても上記の学位のいずれかが取得可能です。
修士課程には、 医歯理工学専攻と医療管理政策学（MMA）コースがあります。医歯理工学専攻は以下のように改組されますが，医療管理政策学（MMA）コースについては従来と変更ありません。
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