胆嚢摘出手術はほぼ安全な手術ですがまれに合併症を起こすことがあります。例えば手術後に出血を起こすこと（後出血）、胆汁が漏れ出すこと(胆汁漏)などです。これらが起こった場合、多くは点滴治療で改善しますが、程度がひどい時には追加処置を行うこともあります。 その他、創感染（傷が膿んでしまう）、肺炎、胆管損傷（胆汁の流れ道を傷つける）、腸管損傷（小腸や大腸を傷つける）などもありますが、どれもまれな合併症です。
また、手術中に腹腔鏡での手術が困難と判断した場合は、そのまま速やかに開腹手術へ移行することもあります。