北米地域で確認されているオミクロン系統株の本邦市中流行、および市中に長期間存続しているデルタ系統株への感染事例を確認～医科歯科大 新型コロナウイルス全ゲノム解析プロジェクト 第10報～
2022.01.18
【ポイント】
- 2021年12月末～2022年1月11日までのCOVID-19患者5名から検出したオミクロン株は、北米地域で確認されているオミクロン系統株（BA.1系統）に近縁であることがわかりました。
- オミクロン株感染患者の5名中4名は、レセプター結合領域内にR346K変異を有するBA.1系統株に感染しており、残りの１名はその変異がないBA.1系統株に感染していることを確認しました。
- 当該患者名に渡航歴および濃厚接触者歴はなく、市中感染事例であることがわかりました。このことは、昨年12月に国内に存在していた複数のオミクロン系統株の中で、R346K変異を有するBA.1系統株による市中感染拡大が現時点において起こっていることを示唆するものと考えます。
- 上記期間のCOVID-19患者から検出したデルタ株は、国内主流デルタ系統株（AY.29系統）であることを確認しましたが、こちらは2021年8月の第5波から今日に至るまで市中に存続しているAY.29系統株の中で、わずか1％以下の割合で存在しているデルタ系統株（レセプター結合領域内のQ414R変異を有するAY.29系統株）であることを確認しました。
- 当該AY.29系統株は、昨年8月の第5波以降も本邦において長期間存続しており、また患者が重症化に至ったことから、依然として高い重症化リスクを保持しているものと考えられます。
東京医科歯科大学大学院医歯学総合研究科ウイルス制御学分野の武内寛明准教授・東京医科歯科大学病院病院長補佐、難治疾患研究所ゲノム解析室の谷本幸介助教、リサーチコアセンターの田中ゆきえ助教、ウイルス制御学分野の北村春樹大学院生および多賀佳大学院生らによる本学入院患者由来SARS-CoV-2全ゲノム解析プロジェクトチームは、統合臨床感染症学分野の具芳明教授、木村彰方理事・副学長・特任教授および京都府立医科大学大学院分子病態感染制御・検査医学分野の貫井陽子教授（前医学部附属病院感染制御部部長）との共同解析により、2021年12月末～2022年1月11日までのCOVID-19患者北米地域で確認されているオミクロン系統株の市中流行および本邦において長期間存続しているデルタ系統株への感染事例を確認しました。
