■ ABIF Viewer 3100 for Windows


プログラム画面

動作条件
O.S.Windows 2000 / XP （98SE / Me / NT 4.0でも動くと思います）
本体ＣＰＵ　Pentium IV 2GHz以上推奨
メモリ　256MB以上推奨
モニタ1024 x 768ドット以上
プリンタ ローカルプリンタ、ネットワークプリンタ

【動作確認済み機種一覧】
エプソン　：　LP-9000C(CPS)、LP-7800C、LP-7000C、PM-950C
リコー　：　iPSiO Color 2200N
OKI　：　ML5200（東大・坂口様、ご連絡ありがとうございました）
この他、動作確認できたプリンターがありましたらお知らせください。

※ Sequence Editorの操作方法は《こちら》。


◆ メニュー

　プログラムには４種類のメニューがあります。
File Display Window Help
Open
Close
Preference
Export(Electropherogram & Raw)
Page Setup
Print
Exit		 Annotation
Sequence
Electropherogram
Raw
All Window
Quality Value
Zoom In/Zoom Out
Vertical Gain		 Sequence Editor
Cascade
Tile Horizontal
Tile Vertical		 Version
Homepage

ツールバー

■ File メニュー
Open (1) ファイルを開きます。
Close アクティブなウィンドウを閉じます。
Preferece (3) Sequence、Electropherogramのグラフに使用するカラーを設定します。
Export (Sub menu : Electropherogram , Raw) Electropherogram , Raw の数値を CSV format で出力します。
Page Setup プリンターの設定します。
Print (2) アクティブなウィンドウのデータを印刷します。（◆注意事項参照）
Exit プログラムを終了します。


■ Display メニュー
Annotation (4) データのサンプリング・解析条件等を表示します。
Basecallerはこの画面で確認できます。（DisplayメニューのQuality Value および◆注意事項参照）

Sequence (5) 塩基配列を表示します。


Sequence (Quality Valueのグラフを表示中)
Electropherogram (6) 波形および塩基配列を表示します。

Raw (7) 実際のサンプリングデータを表示します。

All Window (8) (8)のボタンが押下してある状態で表示内容を変更すると、すべてのウィンドウが同じ種類のデータに切り替わります。
Quality Value (9) 計測後の解析でKB Basecallerを使用すると（Annotationで確認）、データにQuality Value（Basecaller精度の塩基あたりの推定値：以下QV）が含まれます。
SequenceまたはElectropherogram表示時にQVを棒グラフで表示することができます。（QVが含まれているデータはデフォルトで表示）

←
→
標準 QVグラフ表示時
Zoom In/Zoom Out (10) Electropherogramの波形の横幅を変更します。

←
→
標準 拡大
Vertical Gain ElectropherogramおよびRaw表示時にこのメニューを選択すると波形を最大500%まで拡大することができます。（◆その他の機能について参照）


■ Window メニュー
Sequence Editor (11) 塩基配列の編集作業を行います。操作方法は《こちら》。（◆注意事項参照）
Cascade (12) ウィンドウを重ねて表示します。
Tile Horizontal (13) ウィンドウを横に整列します。（◆注意事項参照）
Tile Vertical (14) ウィンドウを縦に整列します。（◆注意事項参照）


■ Help メニュー
Version プログラムのバージョンを表示します。
Homepage ブラウザを起動しホームページを表示します。


◆ その他の機能について

・ドラッグアンドドロップについて
　プログラムアイコンにファイルをドラッグアンドドロップしてデータを表示することが可能です。
　（ドラッグアンドドロップした回数分だけプログラムを実行するため、あまりお勧めできません。そのうち直します。m(_ _)m ）
・ElectropherogramおよびRawのVertical Gainについて
　ウィンドウ上でマウスの右ボタンをクリックして現れるメニューからVretical Gainを選択しても同じ作業が可能です。

　
　Vertical Gain コントロール画面


　※気がついた点があれば、順次掲載します。

◆ 注意事項

■Printについて
・Electropherogramの横幅表示が標準・拡大いずれの場合も、印刷結果は同じになります。
・出力用紙の方向が縦・横いずれの場合も、波形の間隔は一定です。
・377 DNA Sequencerで測定したデータを印刷した場合、3100 Genetic Analyzerとのデータ構造の違いにより一部のファイル情報を正しく印刷しませんのでご了承ください。

■Annotationについて
・ファイルの内容により、一部の文字・数値等を正常に表示できない場合があります。
・377 DNA Sequencerで測定したデータは、ファイル情報の一部を表示しません。

■Sequence Editorについて
・編集内容をテキストファイルへ保存できますが、SequenceやElectropherogramの画面へ反映することは出来ません。

■Tile Horizontal、Tile Vertical について
・開いているウィンドウの数によって配置が同じになる場合があります。

ABIF Viewer 3100