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東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム解析室 

M&Dタワー22F 南西角
内線(4960)
kaisekisitsu.nri@mri.tmd.ac.jp

解析データについて


解析方法

MIX解析
1つの塩基の位置に2つ以上の塩基が含まれる場合、これらの塩基には、適切なIUBコードが割り当てられ、かつ、赤字で表示されます。ただし、サンプルがきれいでないとほとんど全てが赤字になってしまいます。
Mix解析を希望する場合には、サンプル依頼書の「解析方法 □Mix 解析」にチェックを入れておいてください。

例:上段は通常解析、下段はmix解析
  *111番目の塩基が、CとTが重なっているため、Yで表示されている。




低分子領域のノイズピーク
 低分子領域(BigDye v1.1はprimeer直後40~50bp,v3.1はprimer直後80~90bp付近)に、非特異的な大きなノイズピークが現れることがあります。このノイズピークがある場合には、このノイズピークより低分子領域をカットすると、ノイズピーク以降の波形が見やすくなります。ただし、ノイズピーク以前の情報も失われます。
例:上段はBigDye v3.1のノイズピークカットしない場合
  下段はノイズピーク以前をカットした場合



Flat解析
 シグナル値が次第に弱くなったり、特殊な配列後、急にシグナル値が弱くなったりして、波形が見にくくなってしまった場合、flat解析をすると波形が見やすくなります。
*ただし、読み取り精度は変わりません。また、低いシグナル値を見かけ上引き上げて表示するので、バックグラウンドも見かけ上高く表示されます。

例:上段は通常解析結果、下段はflat解析結果