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統合的臨床オミックスデータベース iCOD(公開終了)

統合的臨床オミックスデータベースについて 公開終了

「統合的臨床オミックスデータベース iCOD」は、患者個人の臨床病理情報や画像診断データと、病変部位におけるゲノム/オミックス情報を統合した、我が国で初めての疾患オミックス統合データベースである。東京医科歯科大学附属病院の肝胆膵外科、大腸外科、及び口腔外科に入院した患者約400名を対象に、カルテから収集した病歴、診断、検査、外科的治療、内科的治療、予後の情報、及び看護師が聞き取った生活習慣情報と、病理標本よりレーザダイセクションで切り出した患部における網羅的遺伝子発現情報が、統合されている。臨床因子・病理因子・遺伝子発現情報はいずれも多変量データであるので、主成分分析及び正則化正準分析を用いて統計的に有意な関連性を抽出し、視覚化してユーザに提示するGUIを装備する。iCODは日英2カ国語で登録ユーザに対して利用を公開した(現在は公開終了)。本研究は難治疾患共同研究拠点活動のひとつとして進めたものである。