遺伝子の発現に関する研究から、真核生物のゲノムにおいて、染色体上の距離が近い遺伝子ペアが共発現する傾向があることが見出されつつあります。我々の研究グループでは、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、線虫、酵母の6種、24個のデータセットについて、共発現と遺伝子間距離の関係を調べました。その結果、どの生物種においても距離の近い遺伝子ペアの共発現率が高いことが示されました。統計解析の結果、共発現率は線虫が最も高く、哺乳類とショウジョウバエ、酵母の順に低くなることがわかりました。共発現している遺伝子がコードしているタンパク質のアミノ酸配列が既知であるペアについて、BLAST解析を行ったところ、大多数で期待値が1以上になりました。重複遺伝子以外のペアも共発現していることを示しています。また、塩基を用いて測った距離とその生物種の平均遺伝子間距離で正規化した距離による結果の比較から、物理的な距離の影響が強いことが示唆されました(BMC Genomics 2004)。