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難治疾患共同研究拠点

難治疾患オミックスデータベース

Joint Usage/Research Program of Medical Research Institute Tokyo Medical and Dental University

CGHデータベース

本データベースは、ゲノム構造異常の網羅的検索データを収載しています。 当教室において構築した各種腫瘍に対するCGHとアレイCGHのデータベース、アレイCGHを用いた日本人の健常者集団を対象としたCNVデータベースにリンクしています。 なお、本データベースの構築には、文部科学省、科学技術振興機構、新エネルギー開発機構の支援を受けています。


  • CGH Data Base ゲノム構造異常の網羅的探索データ
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     本データベースの構築には文部科学省、
     科学技術振興機構、新エネルギー開発
     機構の支援を受けています。

    CNVデータベース

    本データベースは、日本人の健常者集団を対象として独自開発したBACアレイ( MCGアレイ )1) ならびにSNPアレイ (illumina, HumanOmniExpress Beadchip)を用いた解析を行い、 検出された CNVと LOHを収載したものです。このことにより、日本人健常者集団におけるCNVやLOHの出現頻度を示し、 ゲノム解析において検出されるゲノム変化が病態と関連するかどうかを判断するための基盤情報となります。


  • CNV Data base 日本人ゲノムコピー数多様性データ
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    統合的臨床オミックスデータベース(iCOD)

    本データベースは、患者個人の臨床病理情報や画像診断データと、病変部位におけるゲノム/オミックス情報を統合した、我が国で初めての疾患オミックス統合データベースである。東京医科歯科大学附属病院の肝胆膵外科、大腸外科、及び口腔外科に入院した患者約400名を対象に、カルテから収集した病歴、診断、検査、外科的治療、内科的治療、予後の情報、及び看護師が聞き取った生活習慣情報と、病理標本よりレーザダイセクションで切り出した患部における網羅的遺伝子発現情報が、統合されている。臨床因子・病理因子・遺伝子発現情報はいずれも多変量データであるので、主成分分析及び正則化正準分析を用いて統計的に有意な関連性を抽出し、視覚化してユーザに提示するGUIを装備する。iCODは日英2カ国語で登録ユーザに対して利用を公開している。


  • CNV Data base 日本人ゲノムコピー数多様性データ
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