平成１１・１２年度の大学院重点化に伴い設置された医歯学総合研究科博士課程及び平成１３年度から新たに設置された医歯学総合研究科修士課程の両課程に本研究所の全分野が協力講座として参画している。平成１７年４月１日現在の本研究所に在籍する大学院生の総数は９９名（博士課程８４名、修士課程１５名）である。
本研究所において、特定の研究に参加希望する者のために専攻生制度を設けている。外国人留学生、他の研究期間の職員もこの専攻生になることができる。本研究所教授会の承認を得て入学を許可され、研究期間は研究歴として認められる。平成２１年１０月１日現在の在籍者数は１２名である。※論文博士（乙）の学位請求申請については、平成２２年４月１日以降、原則として受け付けない。
