第二内科は診療部門が腎臓、循環器、消化器、内分泌の４つのグループに分かれている．大学での年間平均入院患者数は約600名、年間死亡数（剖検数）は25〜30名（15〜20名）で、常時約50名の患者が入院している．また、臨床活動の一環として、症例報告や臨床研究などの学会活動も活発に行っており、日本内科学会地方会をはじめ、専門学会や研究会にも数多くの演題を発表しており、その多くは専門誌に論文投稿されている．
第二内科の臨床の大きな特徴は、大学および関連病院での豊富な患者層と一貫した質の高い医療である．研修医は卒後１年目に大学の４グループおよび呼吸器科をローテーションし、２年目は教育関連病院でさらに多くの症例を経験し内科全般の研修を積む．３年目にいずれかの診療グループに所属し、その後も2〜3年の期間で大学および関連病院の間をローテーションすることにより幅広く臨床経験を積んでいる．関連病院にとっても人事が停滞することなく活性化につながっている．現役教室員262名中約3/4にあたる200名が関連病院に勤務し、第一線の臨床に携わっている．1996年6月現在、関連病院数は23に達しており、教室全体で3500床以上のベッドを有している．その大部分は地域の基幹病院であり、武内前教授が掲げた関連病院1000床構想を現丸茂教授が実現し、さらに発展を続けている．