第二内科は卒前教育として、体液制御系講義、内科学系統講義、内科診断学、BSL (Bed Side Learning)等を担当している。内科学系統講義は医学部4年、5年生が対象で、内科学総論および腎臓病学、循環器病学、消化器病学、呼吸器病学、内分泌病学に関する系統的な講義が行われる。内科診断学では4年生10人程度の小グループによるセミナー形式で、身体所見の取り方をはじめとする内科診断学の基礎を教育している。BSLでは、6年生に実際の患者さんを受け持たせ、内科学一般および各専門分野に関する治療学、診断学を学生一人に対して教官一人の完全マンツーマン方式で指導している。さらに第二内科のBSLの独特のシステムとして、2週間割り当てられるBSLの期間のうち後半の1週間を、第二内科の関連病院における研修に当てている。この関連病院研修の期間は原則として各病院に学生を泊まり込ませ、実際の第一線の救急医療をはじめとする、大学病院ではなかなか経験できない生の医療現場を実体験してもらっており、学生の間では好評である。
第二内科の臨床卒後教育のシステムは、卒後１年目は大学にて腎臓、循環器、消化器、呼吸器、内分泌の各グループをローテーションして研修する。その間、希望に応じて神経内科、第一内科血液グループ、麻酔科などの他科へのローテーションも行っている。卒後２年目は関連病院へ研修医としてローテーションする。この１年間で研修医は症例の豊富な第二内科の関連病院にて臓器にとらわれずに多くの疾患を経験し、内科医としての基礎的知識・技術を会得するとともに、救急医療に十分に対応できる能力を身につける。卒後３年目より各臓器別専門グループに所属し、大学および関連病院にて内科専門医としての研修を行うことになる。
第二内科では積極的に大学院生を受け入れている。臨床研修の２年間をすませ臨床的な問題点を把握する修練をつんでからの大学院入学が望ましいが、初年度からの大学院入学も認めている。その場合、臨床教室であるので、入局時に大学院に入学した者も２年間の研修医の期間は完全に臨床研修にあてる。卒後３年目以降は大学院生は研究が中心となるが、その間も適時基礎的研究と臨床研修をおりまぜたプログラムが組まれる。研究内容は主に分子生物学的手法を用いた臨床的および基礎的研究が中心で、当科の研究のレベルは各分野ともに世界のトップレベルにある。第二内科大学院では専門の研究者を志向する者から、臨床研修の一環として研究を行うことを希望する大学院生まで、広い範囲の人材の育成に対応できる教育システムを揃えている。大学院時代に優秀な論文を書き学術振興会特別研究員の資格をとると３年間ほぼ助手に相当する給料と研究の自由が与えられる。