奈良雅之 ホームページへようこそ 所在地：〒272-0827 千葉県市川市国府台2-8-30 電話：047-300-7122 FAX：047-300-7100 更新日：2012/4/6

研究内容

　当研究室では、振動分光学的手法を用いて生命科学（構造生物学・生体分子分光学）・地球科学分野のテーマに取り組んでいます。これまでにカルシウム結合タンパク質のCa²⁺配位構造を同定する方法論を応用して、カルモジュリン、トロポニンＣの金属イオンによる活性化の機構を調べました。特に、カルシウム結合部位のモデルとなる合成ペプチドを用いることによりCa²⁺配位構造とペプチド鎖長の相関を明らかにしました。その他に、VLDL（超低密度リポタンパク質）やLDL(低密度リポタンパク質、別名：悪玉コレステロール)中の脂質の状態解析や、ウシ受精卵と未受精卵の透明帯の解析などを行いました。最近では、キンギョのウロコや隕石の微小領域を解析するために、顕微ラマン分光によるアプローチを取り組んでいます。

現在当研究室で取り組んでいるテーマは以下の通りです。

• ラマン分光法による隕石中の炭素質化合物の解析　（大阪大学大学院松田研究室との共同研究）
• カルシウム結合タンパク質、ペプチドの構造機能相関解析（東京大学大学院農学生命科学研究科田之倉研究室、産業総合研究所森井研究室との共同研究）
• 赤外・ラマン分光によるキンギョウロコの状態解析　（教養部生物学教室服部研究室との共同研究）

メンバー

教授：　奈良雅之　Nara Masayuki 学歴：東京大学理学部化学科　1990年３月卒業 　　　東京大学大学院理学系研究科博士課程化学専攻　1995年3月修了 学位：理学博士・東京大学　1995年３月 職歴: 機能水研究所博士研究員　1995年4月〜1997年3月 　　　東京医科歯科大学教養部助手　1997年4月〜2001年３月 　　　東京医科歯科大学教養部助教授　2001年4月〜2007年３月 　　　東京医科歯科大学教養部准教授　2007年４月〜2010年3月 　　　東京医科歯科大学教養部教授　2010年4月〜 専門分野：生物物理化学、分子分光学

業績リスト

Original Papers

• "Stem-Forming Regions That Are Essential for the Amyloidogenesis of Prion Proteins" M. Saiki, Y. Hidaka, M. Nara, and H. Morii, Biochemistry 51, 1566-1576 (2012).
• "On the effect of laser-induced heating in a Raman spectroscopic study of carbonaceous material in meteorite”K. Morishita, M. Nara, S. Amari and J. Matsuda, Spect. Lett. 44, 459-463 (2011).
• "The origin of phase Q: Noble gas, Raman spectroscopy and transmission electron microscopy" J. Matsuda, K. Morishita, H. Tsukamoto, C. Miyakawa, M. Nara, S. Amari, T. Uchiyama and S. Takeda, Geochim. Cosmoch. Acta, 74, 5398-5409 (2010).
• "The effect of the pyridine treatment on phase Q: Orgueil and Allende" J. Matsuda, S. Amari, K. Morishita, K. Nagashima and M. Nara, Meteoritics & Planetary Science, 45, 1191-1205 (2010)
• "Response of osteoblasts and osteoclasts in regenerating scales to gravity loading" N. Suzuki, K. Kitamura, K. Omori, T. Nemoto, Y. Satoh, M.J. Tabata, M. Ikegame,T. Yamamoto, K. Ijiri, Y. Furusawa, T. Kondo, I. Takasaki, Y. Tabuchi, S. Wada, N. Shimizu, Y. Sasayama, M. Endo, T. Takeuchi, M. Nara, M. Somei, Y. Maruyama, K. Hayakawa, T. Shimazu, Y. Shigeto, S. Yano, and A. Hattori, Biol. Sci. Space, 23, 211-217 (2009).
• "Bisphenol A weakens calcium binding affinity of site III and site IV in C-terminal domain of bovine brain calmodulin" K. Murayama, M. Sonoyama, T. Terada, Y. Yokoyama, M. Nara, M. Tomida and S. Matsuda, Chem Lett.　38(11), 1062-1063 (2009).
• "Raman spectroscopic study of the noble gas carrier Q in the Allende meteorites" J. Matsuda, K. Morishita, M. Nara and S. Amari, Geochem J. , 43, 323-329 (2009).
• "Infrared spectroscopic study of the binding of divalent cations to Akazara scallop troponin C : the effect of the methylene side chain of glutamate residue" M. Nara, F. Yumoto, H. Kagi and M. Tanokura, Biopolymers , 89, 595-599 (2008).
• "Synergistic activation of Arabidopsis NADPH oxidase AtrbohD by Ca²⁺ and phosphorylation" Y. Ogasawara, H. Kaya, G. Hiraoka, F. Yumoto, S. Kimura, Y. Kadota, H. Hishinuma, E.Senzaki, S. Yamagoe, K. Nagata, M. Nara, K. Suzuki, M. Tanokura and K. Kuchitsu, J. Biol. Chem., 283, 8885-8892 (2008).
• "Scale osteoblasts and osteoclasts sensitively respond to low-gravity loading by centrifuge" N. Suzuki, K. Omori, , M. Nakamura, M.J. Tabata, M. Ikegame, K. Ijiri, K. Kitamura, T. Nemoto, N. Shimizu, T. Kondo, K. Matsuda, H. Ando, H. Kasahara, M. Nagase, M. Nara and A. Hattori, Biol. Sci. Space, 22, 3-7 (2008)
• "Infrared Spectroscopic Study on Ca²⁺ Binding to Akazara Scallop Troponin C in Comparison with Peptide Analogues of Its Ca²⁺ Binding Site IV" M. Nara , F. Yumoto, K. Nagata, M. Tanokura, H. Kagi, T. Ojima, K. Nishita and H. Morii, Vib. Spectrosc., 42, 188-191 (2006).
• "Near infrared spectroscopy determines salinity and internal pressure of fluid inclusions in minerals" H. Kagi, A. Kiyasu, T. Akagi, M. Nara and T. Sawaki, Appl. Spectroscopy, 60, 430-436 (2006).
• "Fourier Transform Infrared Spectroscopic Study on the Ca²⁺-bound Coordination Structures of Synthetic Peptide Analogues of the Calcium-binding Site III of Troponin C" M. Nara, H. Morii, F. Yumoto, H. Kagi and M. Tanokura, Biopolymers, 82 339-343(2006).
• "FTIR Spectroscopic Analysis of the Intact Zona Pellucida of the Mammalian Egg: Changes in the Secondary Structure of Bovine Zona Pellucida Proteins during Fertilization"
  Masayuki Nara, Naoto Yonezawa, Takeshi Shimada, Kazuya Takahashi, Masaru Tanokura, Fumiaki Yumoto, Hiroyuki Nakagawa, Kazuyo Ohashi, Seizo　Hamano and Minoru Nakano, Exp. Biol. Med. 231,166-171 (2006)
• "FTIR spectroscopic study on the binding of Mg²⁺ to a mutant Akazara scallop troponin C (E142Q)"
  M. Nara, F. Yumoto, K. Nagata, M. Tanokura, H. Kagi, T. Ojima and K. Nishita, Biopolymers, 74 (1,2), 77-81 (2004).
• "Infrared study of human serum very-low-density and low-density lipoproteins. Implication of esterified lipid C=O stretching bands for characterizing lipoproteins"
  M. Nara, M. Okazaki and H. Kagi, Chem. Phys. Lipids, 117, 1-6 (2002).
• "Coordination structures of Ca²⁺ and Mg²⁺ in Akazara scallop troponin C in solution: FTIR spectroscopy of side-chain COO^- groups"
  F. Yumoto, M. Nara, H. Kagi, W. Iwasaki, T. Ojima, K. Nishita, K. Nagata and M. Tanokura, Eur. J. Biochem. 268, 6284-6290 (2001).
• "Fourier-transform infrared spectroscopic study of Ca²⁺-binding to osteocalcin"
  M. Mizuguchi, R. Fujisawa, M. Nara, K. Kawano and K. Nitta, Calcif. Tissue Int. 69 337-342 (2001).
• "Temperature dependence of the near-infrared-excited Raman spectra of crystalline hen egg-white lysozyme"
  M. Nara, A. Sakamoto, J. Yamamichi and M. Tasumi, Biopolymers: Biospectroscopy, 63, 168-172 (2001).
• "Assessment of between-instrument variation of HPLC methods for serum lipoproteins and its traceability to reference methods for total cholesterol and HDL-cholesterol"
  S. Usui, M. Nakamura, K. Jitsukata, M. Nara, S. Hosaki and M. Okazaki, Clin. Chem. 46, 63-72 (2000).
• "Experimental alteration of molybdenite: Evaluation of the Re-Os system, infrared spectroscopic profile and polytype"
  K. Suzuki, H. Kagi, M. Nara, B. Takano and Y. Nozaki, Geochim. Cosmoch. Acta, 64, 223-232 (2000).
• "How can Ca²⁺ selectively activate recoverin in the presence of Mg²⁺ ? Surface plasmon resonance and FT-IR spectroscopic studies"
  T. Ozawa, M. Fukuda, M. Nara, A. Nakamura, Y. Komine, K. Kohama and Y. Umezawa, Biochemistry, 39, 14495-14503 (2000).
• "Spectroscopic characterization and the pH dependence of bactericidal activity of the aqueous chlorine solution"
  S. Nakagawara, T. Goto, M. Nara, Y. Ozawa, K. Hotta and Y. Arata, Anal. Sci., 14, 691-698 (1998).
• "A pulsed field gradient NMR study of the aggregation and hydration of parvalbumin"
  W.S. Price, M. Nara and Y. Arata, Biophys. Chem., 65 179-187 (1997).
• "FT-IR study of the Ca²⁺-binding to bovine α-lactalbumin. Relationships between the type of coordination and characteristics of the bands due to the Asp COO^- groups in the Ca²⁺-binding site"
  M. Mizuguchi, M.Nara, K. Kawano and K. Nitta, FEBS Lett., 417, 153-157 (1997).
• "Fourier-transform infrared spectroscopic studies on the coordination of the side-chain COO^- groups to Ca²⁺ in equine lysozyme"
  M. Mizuguchi, M. Nara, Y. Ke, K. Kawano, T. Hiraoki and K. Nitta, Eur. J. Biochem., 250, 72-76 (1997).
• "Correlation between the vibrational frequencies of the carboxylate group and the types of its coordination to a metal cation:An ab initio molecular orbital study"
  M. Nara, H. Torii and M.Tasumi, J. Phys. Chem., 100, 19812-19817 (1996).
• "A comparative study of the binding effects of Mg²⁺, Ca²⁺, Sr²⁺, and Cd²⁺ on calmodulin by Fourier-transform infrared spectroscopy"
  M. Nara, M. Tanokura, T.Yamamoto and M. Tasumi, Biospectroscopy, 1, 47-54 (1995).
• "Fourier transform infrared spectroscopic studies of the effect of Ca²⁺ binding on the states of aspartic acid side chains in bacteriorhodopsin"
  S. Masuda, M.Nara, M. Tasumi, M. A. El-Sayed and J.K. Lanyi, J. Phys. Chem., 99, 7776-7781 (1995).
• "Infrared studies of interaction between metal ions and Ca²⁺-binding proteins. Marker bands for identifying the types of coordination of the side-chain COO^- groups to metal ions in pike parvalbumin (pI=4.10)"
  M.Nara, M.Tasumi, M. Tanokura, T. Hiraoki, M. Yazawa and A. Tsutsumi, FEBS Lett., 349, 84-88 (1994).
• "UV-laser-induced changes in the infrared spectrum of calmodulin in the presence of a photosenstive Ca²⁺ chelator"
  M.Nara, M.Tanokura and M. Tasumi, J. Mol. Struct., 324, 107-112 (1994).

Conference Proceedings

• "Infrared study on synthetic peptide analogues of the EF-hand motif of tobacco calmodulin" M. Nara, F.L. Imai, M. Tanokura and H. Morii, Peptide Science 2010 143 (2011).
• "Infrared study of synthetic peptide analogues of the calcium-binding site III of troponin C: the on-off switch mechanism of an EF-hand protein" M. Nara, H. Morii and M. Tanokura, Peptide Science 2008, 85-88 (2009).
• "R analysis on amyloids of isotope-labeled amyloid b peptides" M. Koike, M. Nara, T. Konakahara, T. Okada, and H. Morii, Peptide Science 2008, 335-336 (2009).
• "Exploration of amyloidogenic core b-structure causing abnormal prion" M. Saiki, Y. Hidaka, M. Nara, and H. Morii, Peptide Science 2008, 363-364 (2009).
• "Identification of the stem-forming region for amyloid formation in prion protein" M. Saiki, Y. Hidaka, M. Nara and H. Morii, Peptide Science 2007, 63-64 (2008).
• "Structural Analysis on amyloid of amiloid-b(1-42) by systematic isotope labeling" K. Yoshida, M. Nara, T. Konakahara, T. Okada and H. Morii, Peptide Science 2007, 99-100 (2008)
• "FT-IR study on secondary structure of self-assembled amyloid-β by specific isotope labeling" K. Yoshida, T. Konakahara, M. Nara, T. Okada and H. Morii, Peptide Science 2006, 369-370 (2006).
• " Analyses of human serum lipoproteins by infrared spectroscopy"
  M. Nara, H. Kagi, and M. Okazaki, Spectrosc. Biol. Mol. Eur. Conf., 8th, 371-372 (1999).
• "An infrared study on interaction of carp parvalbumin pI 4.25 with metal ions"
  M. Nara, M. Tanokura, and M. Tasumi, Proceedings of 12th International Conference on Fourier Transform Spectroscopy, 439-440 (1999).
• "An infrared study on conformational change of bullfrog parvalbumin pI 4.97 upon Mg²⁺-Ca²⁺ exchange"
  M. Nara, M. Tanokura, and M. Tasumi, Proceedings of 12th International Conference on Fourier Transform Spectroscopy, 441-442 (1999).
• "A study of cold denaturation of hen egg-white lysozyme in crystal by near-infrared-excited Raman spectroscopy"
  M. Nara, J. Yamamichi, A. Sakamoto and M. Tasumi, Proceedings of 12th International Conference on Fourier Transform Spectroscopy, 449-450 (1999).
• "An infrared study of human serum very-low-density lipoprotein and low-density lipoprotein"
  M. Nara, M. Okazaki and H. Kagi, Proceedings of 12th International Conference on Fourier Transform Spectroscopy, 451-452 (1999).
• "An infrared study on the coordination of the side-chain COO^- groups to Ca²⁺ in akazara scallop troponin C"
  F. Yumoto, M. Nara, H. Kagi, W. Iwasaki, T. Ojima, K. Nishita, K. Nagata, and M. Tanokura, Proceedings of 12th International Conference on Fourier Transform Spectroscopy, 443-444 (1999).
• "Fourier-transform infrared spectroscopic study of Ca²⁺-binding to osteocalcin"
  M. Mizuguchi, R. Fujisawa, M. Nara, K. Kawano, and K. Nitta, Proceedings of 12th International Conference on Fourier Transform Spectroscopy, 447-448 (1999).
• "Protein-metal interactions: Infrared studies of the types of coordination of the side-chain carboxylate anion to a metal cation"
  M. Nara, S. Masuda, H. Torii, and M. Tasumi, Spectrosc. Biol. Mol. Eur. Conf., 6th, 113-114 (1995).
• "Fourier transform infrared studies on conformational changes of calmodulin induced by metal-ion binding"
  M. Nara, M. Tanokura, and M. Tasumi, Proceedings of 9th International Conference on Fourier Transform Spectroscopy, 344-345 (1993).

総説・著書・その他：

• “Raman spectroscopic investigation of the isotope effects in graphite carbon and the interpretation of D-band”, K. Morishita, M. Nara and J. Matsuda, J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 58, 167-168 (2010).
• 「歯の象牙質における成長線の周期性と生物リズムとの関連：メラトニンによる調節の可能性」　三島弘幸、北原正大、服部淳彦、鈴木信雄、田畑純、奈良雅之、筧光男、見明康夫、比較内分泌　36, 106-112 (2010).
• 「Ca²⁺結合タンパク質のon/off機構の解析−赤外分光によるアプローチ」　奈良雅之、森井尚之、田之倉優　化学と生物　47(12), 872-878 (2009).
• 「タンパク質の事典」（赤外ラマン分光法の項）　田隅三生、奈良雅之、pp494, 朝倉書店 (2008)
• "Infrared spectroscopic study of the metal-coordination structures of calcium binding proteins" M. Nara and M. Tanokura, Biochem. Biophys. Res. Commun, 369, 225-239 (2008).
• 「赤外分光法によるタンパク質の構造機能解析」奈良雅之、FTIR TALK LETTER vol8 2-5 (2007)
• 「臨床検査学講座　化学」　 岡崎三代、奈良雅之、永井裕、中澤泰男、医歯薬出版　（2005)
• 「物理生化学」　K. E. van Holde, W. C. Johnson, P. S. Ho 著　田之倉優・有坂文雄監訳　分担訳　（2002)
• 「微小領域での振動分光法とその地球化学研究への応用」鍵裕之、奈良雅之　地球化学 32, 45-69 (1998).
• 「タンパク質溶液中の水和水を観測する新しい方法」奈良雅之、ファルマシア、32、840-841 (1996).
• 「二次元赤外分光法の発展」奈良雅之、化学と工業、47、1586-1587 (1994).

教育

2012年度担当科目（教養部）

• （一般化学Ｉ）（医）・（歯）
• 化学実験　（１組、２組、３組）
• 化学基礎Ｂ
• 社会の中の科学（教養教育）
• 生命科学基礎（化学）（教養教育）
• 生命科学（生物物理化学）（連携教育）
• 一般化学演習A/B
• 水の科学
• 分子分光学演習：基礎編

• 化学（一般化学�U）（医）・（歯）・（検）
• サイエンスPBL
• 科学基礎実験A
• 科学基礎実験B
• 化学熱力学M
• 化学熱力学演習
• 生体分子分光学演習

2012年度大学院講義

• 分子構造学特論　（本学大学院生命情報科学教育部）
• 先端生体構造化学 （千葉大学大学院理学研究科）

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