東京医科歯科大学救命救急センターは一部の専門症例を除き、当センターで術前検査、手術、術後管理を独立して行っているのが特徴です。基本的には院内の手術室で手術を行っていますが、手術室まで間に合わない症例、たとえば大動脈瘤破裂による出血性ショックや大腸穿孔による敗血症性ショックなどバイタルが不安定なもの、また外傷性ショック患者を初療室内の手術室で手術、処置を行っています。また、その場合は所属の麻酔科医師が対応するのも特徴です。
手術の過半数は修練医（レジデント）が執刀しており、所属の10人以上在籍している外科専門医が指導します。外傷外科医育成コースでは、2-3年間外科専門修練施設で十分な研修を行うことができ、現在手術件数も年々増加傾向にあり本年度は1日2件あるなど年間300例に達する見込みです。また腹腔鏡手術件数も増加してきており、内因性疾患（虫垂炎、胆嚢炎、消化管穿孔など）や一部の外傷疾患（刺創など）に対し行われ、総手術件数に対する割合も本年度は10％を超えています。日本内視鏡外科学会技術認定医、院内内視鏡外科技術認定医を取得し安全に行っております。
緊急開胸や緊急開腹などの初療室緊急手術と腹腔鏡手術などの低侵襲手術を同時に経験でき、術後管理まで行うことができる当センターのような施設は少なく、これから求められるAcute care surgeon育成を行っております。